بلایای طبیعی نظیر سیل و زلزله و آتش سوزی هم می تواند به تالاب ها و محیط زیست طبیعی آسیب برساند و از آن جا که معمولا اکوسیستم‌ها ارزش بسیار زیادی برای محیط زیست ما دارند و حفظ آن‌ها اهمیت زیادی خواهد داشت ارزیابی میزان خسارتی که به آن ها وارد شده جهت انجام امور نگهداری و بازسازی و یا پیشگیری بسیار مهم خواهد بود. اکوسیستم های طبیعی گیاهی، آبی و شوره زار ها در واقع از مناطق مفیدی هستند که سازمان حفاظت محیط زیست از آن ها حفاظت و نگهداری می کند. حال اگر بر اثر وقوع بلایای طبیعی نظیر سیل و زلزله و آتش سوزی قسمتی از اکوسیستم تالاب از دست رود یا به واسطه آن تخریب شود خسارت وارد شده به آن توسط کارشناس رسمی دادگستری محیط زیست طبیعی مشخص می شود.
اولین پدیده طبیعی که باعث تخریب می شود سیل است. اغلب سیلاب ها در محیط تالاب های علفی و آبگیر ها و دشت ها و در کل در محل هایی که وجود درخت کم است رخ می دهد و می تواند خساراتی به آن مناطق وارد کند. خسارت ناشی از سیل با تائید کارشناس رسمی محیط زیست طبیعی مشخص می شود. میزان خسارت وارد شده شامل هزینه بازسازی تالاب، هزینه پاک سازی تالاب می شود.
البته در مورادی ارزیابی کارشناس در خصوص ادعا‌هایی که مطرح می‌شود هم می‌باشد. برای مثال ممکن است گزارشی از خسارت به تالاب‌ها وجود داشته باشد و افرادی هم به عنوان دخیل مورد اتهام قرار بگیرند اما عنوان کنند که خسارت وارده در اثر بلایای طبیعی بوده و نه دخالت انسانی آن‌ها به همین دلیل کارشناسان ما به ارزیابی خسارت می‌پردازند تا مشخص کنند آیا خسارت واقعا ناشی از حوادث و بلایایی طبیعی بوده و یا متغیر انسانی در آن دخالت داشته است.
دومین پدیده طبیعی زلزله است که باعث تخریب هر گونه تالاب و اکوسیستم طبیعی می گردد.این زلزله ها دارای تبعات منفی هستند از جمله می توان به تخریب وسعت زیاد و از بین رفتن گونه های گیاهی و جانوری می شود که خود نوعی منابع طبیعی است. میزان خسارت وارد شده شامل هزینه بازسازی و باز گرداندن گونه های گیاهی و جانوری از طریق تکثیر و یا خرید گونه مورد نظر است.
سومین پدیده بسیار مهم که می تواند خسارت زیادی وارد نماید آتش سوزی است. آتش سوزی سبب از بین رفتن گونه های گیاهی و جانوری می شود و گاهی باعث از بین رفتن حاصل خیزی خاک به سبب ایجاد شوره زار و از بین رفتن برخی ترکیبات خاک به سبب عدم تحمل دمای زیاد می شود. لذا میزان خسارت وارد شده شامل میزان متراژ خاک و گونه گیاهی و گونه جانوری از بین رفته، هزینه بازسازی و پاک سازی آن می باشد.
به طور کلی از آن جا حوادث طبیعی غیر قابل پیش بینی هستند لذا با توجه به نظراتی که کارشناس دادگستری محیط زیست طبیعی در خصوص پیشگیری از وقوع ناگهانی حوادث طبیعی بیان می کند می توان تا حدودی میزان خسارات را کاهش داد.
کارشناس محیط زیست طبیعی نسبت به خسارت ناشی از حوادث طبیعی سیل، زلزله و آتش سوزی اظهار نظر می کند و با توجه به میزان تخریب محیط اکوسیستم گیاهی و جانوری میزان خسارت را به صورت دقیق بیان می کند. عمده این خسارت شامل تخریب و از بین رفتن گونه گیاهی و جانوری و خاک است.